財政部臺北國稅局表示，藥局除銷售依醫師處方箋調劑藥品不課徵營業稅外，如銷售其他藥品、保健食品或日常生活用品等貨物，仍應依法課徵營業稅。

該局說明，依加值型及非加值型營業稅法(以下簡稱營業稅法)第1條規定，在我國境內銷售貨物或勞務，應依法課徵營業稅。又同法第3條第2項但書及同法施行細則第6條規定，執行業務者提供其專業性勞務非屬營業稅課稅範圍；藥局銷售依醫師處方箋調劑藥品之調劑費及藥品費，因屬主持藥師之執行業務所得，尚無課徵營業稅問題。惟藥局如兼營其他藥品、保健食品或日常生活用品等貨物之銷售者，該銷售行為與一般營業人無異，應依法課徵營業稅。

該局舉例說明，甲藥局原為專營藥品調劑業務，尚無課徵營業稅問題，免辦理稅籍登記。嗣後甲藥局為拓展業務，開始銷售成藥、保健食品、奶粉及紙尿褲等貨物，卻未向稅捐稽徵機關辦理稅籍登記及報繳營業稅。經稅捐稽徵機關查獲後，除對該藥局補徵所漏營業稅外，並就其違章情事裁處罰鍰。

該局提醒，藥局如有銷售藥品調劑以外之貨物，而尚未辦理稅籍登記者，應即向所轄稅捐稽徵機關申請補辦，並依稅捐稽徵法第48條之1規定自動補報補繳所漏營業稅及利息，以免因違反規定而遭補稅處罰。