財政部中區國稅局北港稽徵所表示，營利事業自105年1月1日起，出售不動產依規定所繳納之土地增值稅，若為105年1月1日以後取得或103年1月2日以後取得並持有2年以內之不動產（以下簡稱新制房地），依所得稅法第24條之5第2項但書規定，不得列為成本費用，亦不得於收入項下減除；惟出售非屬新制房地者，依營利事業所得稅查核準則第90條第7款規定，應在出售土地之收入項下減除。
   該所進一步說明，新制房地合一稅依所得稅法第24條之5第1項規定，係按出售房屋、土地交易所得額（簡稱房地交易所得額），減除依土地稅法規定計算之土地漲價總數額後之餘額，計入營利事業所得額申報課稅。所稱房地交易所得額係指收入減除相關成本、費用或損失後之餘額，因新制已減除土地漲價總數額，為避免重複減除，出售所繳納之土地增值稅，不得列為成本費用。
   該所舉例說明，甲公司於105年1月買進房地總價2,500萬元並於105年11月以3,000萬元出售（適用新制），依土地稅法規定計算之土地漲價總數額為100萬元，土地增值稅20萬元，應計入營利事業所得額為400萬元〔房地交易所得額500萬元（3,000萬元－2,500萬元）－土地漲價總數額100萬元〕。
  該所提醒營利事業於105年起處分不動產時，應先判定該不動產是否適用新制，再依相關課稅規定計算正確出售所得並納稅。