財政部中區國稅局大智稽徵所表示，兩稅合一股東可扣抵稅額減半新制自104年實施後，營利事業可分配與我國境內居住個人股東之可扣抵稅額，已修正為按股利淨額或盈餘淨額依稅額扣抵比率計算金額之半數，但營利事業在分配股利時，仍要按分配股利淨額或盈餘淨額，依稅法規定稅額扣抵比率計算之金額，全數自股東可扣抵稅額帳戶減除。

該所說明，於查核104年度營利事業所得稅結算申報案時，發現部分公司在104年分配屬103年度盈餘給我國境內居住之個人股東時，其可扣抵稅額仍依舊制計算全額帶出，並未依修正後所得稅法規定半數計算，經查獲未按實填報股利憑單，至有超額分配之實，遭國稅局處罰。

該所進一步表示，營利事業自104年1月1日起分配屬87年度或以後年度之股利或盈餘，計算我國境內居住個人股東獲配股利淨額或盈餘淨額之可扣抵稅額時，須以規定之稅額扣抵比率乘以50%，而營利事業自當年度股東可扣抵稅額帳戶餘額中減除金額，則應依規定之稅額扣抵比率計算之金額全數減除而非半數，以免虛增股東可扣抵稅額帳戶餘額，造成下次分配與股東或社員之可扣抵稅額有超額分配情事。