財政部中區國稅局竹南稽徵所表示，獨資、合夥組織，除小規模營利事業，無須辦理營利事業所得稅結算申報外，自104年度起，非屬小規模之獨資、合夥組織於辦理營利事業所得稅結(決)、清算申報時，應以其全年應納稅額的半數，減除尚未抵繳之扣繳稅額，計算其應納結算稅額，於申報前自行繳納；並以其營利事業所得額減除全年應納稅額半數後之餘額，列為獨資資本主或合夥人個人綜合所得稅的營利所得，課徵綜合所得稅。
   

該所舉例說明：甲獨資商號105年度營利事業所得稅結算申報營利事業課稅所得額100萬元，全年度應納稅額是17萬元，扣繳稅額1萬元，則甲獨資商號必須於申報截止前繳納應繳營利事業所得稅7.5萬元（17萬元*50％－1萬元）；而該獨資商號全年所得額減除應納稅額半數後的餘額91.5萬元（100萬元－8.5萬元），為甲資本主的營利所得，其於申報105年度綜合所得稅時一併申報。
   

該所提醒，於審查104年度獨資、合夥營利事業所得稅結算申報案件時，有多家獨資、合夥營利事業於結算申報完成後，因未繳納應納稅款，致原申報適用擴大書面審核案件者，不符合規定，改列為普通申報案件處理，影響自身權益。